许可证获取#

商业版安装前需获取许可证，有以下途径：

• 新用户：通过 pymol.org/buy.html 购买或申请为期一年的免费教育订阅，获取 license.lic 文件

• 现有用户：登录 pymol.org/dsc/ip/license/ 下载 license.lic 文件

安装方式选择#

本教程提供三种方法，按平台分类如下：

💡 建议：优先使用 conda 进行安装和环境隔离，避免系统 Python 冲突，同时更容易管理插件。

Windows#

1. 下载 .exe 安装程序
2. 双击运行，按向导完成安装（安装在 C盘 或者 D盘）
3. 从开始菜单或桌面快捷方式启动 PyMOL
4. 第一次启动会弹出 license 提示，点击Browse for License File上传license.lic文件。

   

macOS#

1. 下载 .dmg 磁盘映像
2. 双击打开，将 PyMOL 图标拖入 /Applications 文件夹
3. 在Applications 文件夹，找到 PyMOL 图标双击启动
4. 第一次启动会弹出 license 提示，点击Browse for License File上传license.lic文件。

Ubuntu/Linux#

1. 下载 .tar.bz2 压缩包

2. 打开终端（Ctrl + Alt + T），进入下载目录

   1
   cd ~/Downloads

3. 解压文件（把文件名替换成你实际下载的文件名，例如 PyMOL-3.1.x-Linux-x86_64.tar.bz2）

   1
   #把 * 内容替换为实际名称内容
   2
   tar -jxf PyMOL-*.tar.bz2

4. 进入解压后的 pymol 文件夹并启动

   1
   cd pymol
   2
   ./pymol

5. 第一次启动会弹出 license 提示，点击 Browse for License File 上传 license.lic 文件。

1.环境准备#

首先打开终端初始化，然后创建 PyMOL 专用环境：

1
#conda初始化
2
conda init --all
3
#创建pymol对应的python环境
4
conda create -n pymol_env python=3.10
5
#激活pymol环境
6
conda activate pymol_env

2.选择版本安装#

根据需要选择开源版或商业版：

• 开源版（无需许可证）

1
#使用 conda 常规安装：
2
conda install -c conda-forge pymol-open-source -y
3
#使用 mamba 加速 (可选)：
4
mamba install -c conda-forge pymol-open-source -y

• 商业版（需许可证）

1
conda install -c conda-forge -c schrodinger pymol-bundle -y

3.启动方式#

安装完成后，需要在终端启动 PyMOL：

1
#激活环境
2
conda activate pymol_env
3
#启动pymol
4
pymol

下载安装#

1. 访问 PyMOL Wiki Windows Install 页面或 GitHub Releases

2. 点击 here 或通过 git 下载最新一键安装包
3. 双击 .exe 文件，按向导完成安装
4. 桌面会自动生成快捷方式