PyMOL 简介#

PyMOL 是一个由 Schrödinger 公司维护和分发的用户赞助型分子可视化系统，建立在开源基础之上。它是结构生物学领域广泛使用的专业工具，具有以下核心功能：

版本说明：商业版提供官方维护、完整功能；开源版免费但功能略有差异。

许可证获取#

商业版安装前需获取许可证，有以下途径：

本教程提供三种方法，按平台分类如下：

方法	Windows	macOS	Ubuntu/Linux
官网下载	✅	✅	✅
conda 安装	✅	✅	✅
一键安装包	✅	❌	❌

💡 建议：优先使用 conda 进行安装和环境隔离，避免系统 Python 冲突，同时更容易管理插件。

访问 https://pymol.org/，登录或购买许可证后，下载对应平台的最新安装包。

使用 Miniconda、Miniforge 或 Anaconda 来进行安装。若未安装，请从 docs.conda.io 下载。

首先打开终端初始化，然后创建 PyMOL 专用环境：

1
#conda初始化
2
conda init --all
3
#创建pymol对应的python环境
4
conda create -n pymol-env python=3.10
5
#激活pymol环境
6
conda activate pymol-env

根据需要选择开源版或商业版：

1
#使用 conda 常规安装：
2
conda install -c conda-forge pymol-open-source
3
#使用 mamba 加速 (可选)：
4
mamba install -c conda-forge pymol-open-source

1
conda install -c conda-forge -c schrodinger pymol-bundle

安装完成后，需要在终端启动 PyMOL：

1
#激活环境
2
conda activate pymol-env
3
#启动pymol
4
pymol

此方法仅适用于 Windows，提供社区维护的开源 PyMOL 安装包（基于 pymol-open-source，无需预装 Python）。